Душку родилась в Бостоне, штат Массачусетс. В настоящее время она проживает в Каньёне Лаурель, Лос-Анджелесе. Она — дочь Филипа Р. Душку, албанско-американского администратора и преподавателя в Бостонских Общественных Школах, и бывшей его жены Джудит, университетского администратора и профессора в Суффолкском Университете, которая является датской американкой по линии обоих дедушек и англо-американкой по линии ее бабушек. Душку посещала школу Beaver Country Day (дословный перевод Национальный День Бобра) в Chestnut Hill (дословный перевод Каштановый Холм) и будучи подростком окончила Уотертаунскую Среднюю школу (Штат Массачусетс). У нее усть три старших брата Аарон, Бенджамин (родились 5 февраля 1976), и Натан (рожденный 8 июня 1977, в Бостоне, Штат Массачусетс), последний является моделью и актером. Ее родители развелись, когда она была еще младенцем.
Душку попала во внимание агентов по кастингу когда ей было всего 10 лет. Она была выбрана после пяти месяцев поисков по всей стране на роль Алисы, играющей вместе с Джульетт Льюис в фильме «Той самой ночью» (1992). В 1993 году Элайза сыграла в фильме «Жизнь этого парня» вместе с Робертом Де Ниро и Леонардо Ди Каприо и эта роль открыла ей дверь в большое кино. В следующем году она играла дочь Арнольда Шварценеггера и Джейми Ли Кёртис в фильме «Правдивая ложь». В 1995 году она играла дочь Паула Рейзера в фильме «Прощай, любовь».
После этого Элайза взяла небольшой перерыв, чтобы окончить школу. Она была принята в Университет Джорджа Вашингтона в Вашингтоне и Суффолкский Университет в Бостоне, где ее мать работает профессором.
После окончания средней школы, Элайза вернулась на экраны в роли Фэйт в сериале Баффи — истребительница вампиров. Изначально было запланировано всего пять эпизодов в которых Душку появится в этой роли, но её персонаж стал настолько популярным что она осталась в сериале до конца третего сезона, и потом еще появилась в двух частях четвертого сезона. И вернулась в конце 7 сезона для съемок финала сериала.
В 2000 году Душку появилась в фильме Добейся успеха вместе с Кирстен Данст, фильм ожидал огромный успех и хорошие продажи на DVD, после последовало еще продолжение фильма специально для DVD, но Элайза там уже не снималась. В 2001 году Кевин Смит пригласил Душку сняться в его комедии Джей и Молчаливый Боб наносят ответный удар, в этом фильме она снялась с такими звездами как Шэннон Элизабет, Эли Лартер, Бен Аффлек и многими другими. В 2003 году Элайза снялась в фильме Поворот не туда в котором у нее уже была настоящая звездная роль. Начиная с этого года она начала сниматься в главной роли в сериале Вернуть из мертвых (оригинальное название Tru Calling), там она играла стедентку Тру Дэвис которую взяли на работу в морг, где она открывает в себе способность возвращаться назад во времени по зову умершего, и пытается помочь ему избежать смерти.
В 2001 году в интервью для журнала Maxim Душку сказала о своих ролях: «Легко играть плохую девочку: Ты только делаешь всё, что тебе до этого запрещали, и не думаешь о последствиях, только так это и выходит.»
